2004年：7天“新年之旅”，“機(jī)票”高達(dá)21億元

　　2004年12月27日，李登輝對(duì)日本進(jìn)行了為期7天的“新年懷古之旅”。當(dāng)月30日，臺(tái)灣親民黨“立委”李鴻鈞披露，臺(tái)灣高鐵原本與歐洲簽約，但為了讓李登輝赴日本，只好違約與日本新干線合作，付出的21億元新臺(tái)幣巨額賠償其實(shí)就是李登輝訪日的機(jī)票。

　　值得指出的是12月16日，時(shí)任中國(guó)駐日本大使王毅曾經(jīng)約見日本外務(wù)次官竹內(nèi)行夫，并指出李登輝是“臺(tái)獨(dú)”勢(shì)力的總代表，是兩岸關(guān)系及地區(qū)穩(wěn)定的破壞者。日本政府一方面聲稱堅(jiān)持一個(gè)中國(guó)，一方面又為分裂中國(guó)的急先鋒開綠燈，言行不一，自相矛盾。中方對(duì)此不能接受，并表示堅(jiān)決反對(duì)。中國(guó)外交部也就此事向日本方面提出過(guò)嚴(yán)正交涉。但是，時(shí)任日本首相小泉純一郎在接受媒體時(shí)表示“李登輝是一個(gè)普通公民，我們沒(méi)有理由不讓他來(lái)日本。”日本政府則在12月21日上午向李登輝發(fā)放了入境簽證。與此同時(shí)，日本內(nèi)閣官房長(zhǎng)官細(xì)田博之在記者會(huì)上對(duì)新聞媒體說(shuō)，“這是完全私人的旅游，所以，我希望你們不要到機(jī)場(chǎng)或者飯店”，“我希望你們不要把這趟旅游視為一件大事……。”

　　12月27日，李登輝從名古屋入境日本。在這次的日本行程中，可以處處看到日本新干線的影子。李登輝搭乘的游覽車是日本JR東海(負(fù)責(zé)運(yùn)營(yíng)日本部分新干線鐵路的公司)提供的，下榻的酒店也是JR東海經(jīng)營(yíng)的。此外，12月28日，臺(tái)灣TVBS電視臺(tái)記者還拍攝到JR東海社長(zhǎng)葛西敬之出現(xiàn)在李登輝居住的地方，兩人密談了很久。12月29日，李登輝又在美術(shù)館親手做了一個(gè)陶碗，并寫下“誠(chéng)”字，送給他的老朋友——日本竹下登內(nèi)閣時(shí)的運(yùn)輸大臣石原慎太郎。不少臺(tái)灣“立委”質(zhì)疑，李登輝頻繁與日本有關(guān)人士接觸，可能另有任務(wù)。

　　在李登輝返回臺(tái)灣的2005年1月2日，日本共同社發(fā)表了題為“李登輝決心加強(qiáng)日臺(tái)關(guān)系，把日本作為‘臺(tái)灣建國(guó)’樣板”的評(píng)論，一語(yǔ)道出李登輝此行的目的。評(píng)論同時(shí)指出，中國(guó)正在批判小泉首相參拜靖國(guó)神社等，通過(guò)李登輝訪日可以隱約看出日本想把李登輝當(dāng)成“牽制中國(guó)的牌”的想法。

　　2007年：11天“學(xué)術(shù)之旅”，參拜靖國(guó)神社

　　2007年5月30日，李登輝應(yīng)日本亞洲展望論壇的邀請(qǐng)從臺(tái)北啟程，開始了卸任后第三次為期11天的所謂日本“學(xué)術(shù)之旅”。行前，李登輝在機(jī)場(chǎng)感慨萬(wàn)千地表示：“這次很有可能是最后一次訪日了”。

　　對(duì)此，中國(guó)政府仍然堅(jiān)持反對(duì)態(tài)度。5月29日，中國(guó)新任外交部長(zhǎng)楊潔篪在德國(guó)與正在出席第八屆亞歐外長(zhǎng)的日本外相麻生太郎交涉，麻生太郎的回答是：“聽說(shuō)他不會(huì)開展政治活動(dòng)”，并再次強(qiáng)調(diào)“日本恪守《中日聯(lián)合聲明》的立場(chǎng)并沒(méi)有任何改變”。5月31日，中國(guó)外交部發(fā)言人姜瑜在例行記者會(huì)上表示，李登輝訪日目的是為“臺(tái)獨(dú)”造勢(shì)，破壞中日關(guān)系，我們對(duì)日本政府允許李登輝赴日活動(dòng)表示強(qiáng)烈不滿。但是，當(dāng)時(shí)的日本首相安倍晉三采取“開放的態(tài)度”，李登輝才得以成行。

　　這是李登輝卸任后首次在東京停留，首度在日本進(jìn)行演講。6月1日，李登輝在東京國(guó)際文化會(huì)館出席了曾于日本統(tǒng)治臺(tái)灣時(shí)期做出“貢獻(xiàn)”的后藤新平150周年紀(jì)念典禮，接受第一屆“后藤新平獎(jiǎng)”的頒獎(jiǎng)。在得獎(jiǎng)之后，李登輝以“后藤新平與我”為題作了紀(jì)念演講。6月7日，李登輝在東京大倉(cāng)飯店以《2007年及其之后的世界情勢(shì)》為題進(jìn)行演講。其后，他又在秋田縣國(guó)際教養(yǎng)大學(xué)發(fā)表了題為《日本的教育與臺(tái)灣——我所走過(guò)的道路》的講演�？雌饋�(lái)，李登輝此行的“媚日”的學(xué)術(shù)味道很濃。

　　這個(gè)期間，李登輝6月7日在東京前往靖國(guó)神社，“祭拜”哥哥李登欽(日本名“巖里武則”)。李登輝稱60年沒(méi)見面的兄長(zhǎng)入祀靖國(guó)神社，如果不去祭拜，在人情上說(shuō)不通。而臺(tái)灣“立法院”的國(guó)民黨“立委”雷倩查出資料，指李登欽的靈位早在20年前就從靖國(guó)神社移靈至臺(tái)灣新竹北埔的濟(jì)化宮。所以，媒體評(píng)價(jià)李登輝此行的真正目的是挑撥中日關(guān)系中敏感的“靖國(guó)神經(jīng)”。

　　或許是不滿于李登輝日本之行的過(guò)于張狂，李登輝返回臺(tái)灣前，在機(jī)場(chǎng)被中國(guó)大陸工程師薛義投擲了兩瓶礦泉水。盡管如此，李登輝還是把這次日本行稱為“完美之旅”。