在此期間，專門委員會還原則批準研制攻擊型潛艇�！�12月11日，周恩來在中央專委會第十七次會議上，提出了要研制人造衛(wèi)星。同時，為使核武器系列化，周恩來提出，1968年要把“東風3號”搞出來，“東風4號”可以試，洲際導彈也可能搞出來，全部在這四年內(nèi)(1964~1968)解決。并同意在當年12月底或次年1月初進行這兩次試驗。 1967年，局勢更加混亂，奪權風也刮到了國防科技領域。周恩來為了保護中央專委和國防科技骨干，想方設法阻止“造反派”奪權，而“造反派”卻打著“革命”旗號恣意妄為。這個度如何把握，實際上要比走鋼絲還難。針對二機部“造反派”奪了黨委領導權一事，他氣憤地說：“你們簡直沒邊了。部黨委上面還有中央，不能叫部黨委靠邊站�！庇终f，“與國防工業(yè)相關的各部部長、司局長，除中央已宣布停職反省的外，你們一個也不能扣留。否則，你們就要犯錯誤。沒經(jīng)中央批準，你們宣布罷官是不算數(shù)的。現(xiàn)在對干部的斗爭方式已發(fā)展到打人、掛牌、游街，這是‘左’傾路線的惡劣作風，是‘殘酷斗爭、無情打擊’了。我看了心里很難過。如果不指出來，讓這樣發(fā)展下去，我就有罪了�！�

　　他反復告誡有關人員：“這些單位是國家的絕密工廠、院、所，對國防建設和加強戰(zhàn)備極其重要，一定要保障其絕對安全，保證其連續(xù)生產(chǎn)。”“這些單位的‘文化大革命’，只能在業(yè)余時間進行，不準串聯(lián)，不準停產(chǎn)，不準武斗，不準奪權�！敝芸偫斫弑M全力地保護了參與我國尖端科技的技術專家和行政領導干部。他命令第二、第七機械工業(yè)部和科研院、所的軍管會負責人，采取切實措施，保護列入名單的科學家和干部的人身安全，并嚴肅指出：“如果這些人發(fā)生意外，我要找你們�！卞X學森曾回憶說，“‘文革’中，我們都是受保護的；如果沒有周總理的保護，恐怕我這個人早就不在人世了。”

　　在那樣的局面下，能發(fā)出批評奪權派的聲音已經(jīng)很不容易了，更難能可貴的是，他還把一些處境困難的中央專委委員接到中南海保護起來。這期間，周恩來還囑咐秘書轉(zhuǎn)告受到?jīng)_擊的二機部部長劉杰堅持住，不能承認反黨、反社會主義。

　　張愛萍曾回憶“恩來同志如同保護許多同志一樣竭盡全力救我于水火。在羅瑞卿同志突遭厄運時，恩來同志派我去大西北基地指揮第三次原子彈試驗，這當然是工作的需要，但也有很濃的保護色彩。在揪斗成風時，他又任命我為總理聯(lián)絡員，在國防科技工業(yè)領域處理部院合并的事宜，這雖然也是勢在必行，但也有讓我避開風口浪尖的意圖。可是，我終于在他力不能及的情況下，被投入了一個秘密監(jiān)禁人的地方，被扣上了一長串置人于死地的大帽子”。

　　為防止“造反派”的奪權行為干擾尖端武器研制，周恩來與毛澤東商定，首先在國防工業(yè)等相關系統(tǒng)實行軍管。

　　正是由于周恩來的傾心維護，1967年的5月，我國第一顆氫彈的加工裝配以及試驗準備工作才全部完成。5月9日，周恩來主持第十八次專委會，要求6月20日之前做好氫彈試驗前的各項準備工作，并于6月1日至l0日，陸續(xù)提出六七月份試驗場和煙云經(jīng)過地區(qū)的詳細的氣象資料，再決定試驗日期�！�6月初，正在準備氫彈試驗的關鍵時刻，七機部一個名為“九一六”的“造反派”組織居然占據(jù)了國防部大樓。由此可見，盡管三令五申，國防工業(yè)系統(tǒng)也不可能成為世外桃源。6月3日，周恩來讓秘書通知“九一六”派：立即撤出，如不撤出就不予接見。當晚10時至次日凌晨4時，周恩來接見國防工業(yè)系統(tǒng)群眾組織代表和軍管會代表，指出：七機部“九一六”在國防部搞“萬炮齊轟聶榮臻”是錯誤的，你們要承認錯誤。批判領導干部可以，但不能揪斗，必須給他們足夠時間去工作�，F(xiàn)在，中央有任務下來了，就要把批判往后推遲。不要搞疲勞戰(zhàn)，以免造成事故。

　　周恩來的講話，使“造反派”多少有些收斂。　1967年6月12日，周恩來主持中央專委小會，研究氫彈試驗的時間等問題。為加強領導且保護聶榮臻，周恩來說：“聶老總，恐怕還是要請你去一趟羅布泊，可以嗎?”聶榮臻心領神會地回答：“義不容辭!”

　　6月l7日，中國第一顆氫彈爆炸成功。這是中國進行的第六次核試驗。